高烧通常指的是高热，孩子在夜间出现高热39℃可能是由中暑、细菌性痢疾或者流行性腮腺炎等诸多原因引发的。孩子高热后，可能会有呼吸困难乃至抽搐等多种表现，应在医生指导下选择物理治疗或药物治疗等多种方式来缓解。
一、中暑：当孩子处于温度过高的环境中时，会对体温调节中枢产生影响，从而导致中暑。家长应立刻将孩子转移出中暑环境，给孩子额头贴上冰敷贴，或者用温水擦拭孩子四肢，这样能够起到局部降温的效果，随后应及时给孩子补充清凉含盐饮料。
二、细菌性痢疾：孩子受到志贺菌感染后，会引发细菌性痢疾。发病后也会使体温处于39℃左右。家长首先可选择物理降温的方法来控制孩子体温，避免大汗虚脱。同时还应在医生指导下服用复方磺胺甲噁唑颗粒、头孢拉定干混悬剂等药物进行治疗。
三、流行性腮腺炎：孩子感染流行性腮腺炎病毒后，会引起流行性腮腺炎，在病毒的刺激下同样会导致高热。可以在医生的指导下服用小儿肺热平胶囊、羚羊清肺散等药物来进行降温。
总之，孩子夜间高热39℃的原因多样，需要针对具体病因采取相应的措施来缓解，同时要密切关注孩子的症状变化，遵医嘱进行妥善处理。