治灰指甲比较有效的药物主要有外用和口服两类。一般来说，外用药物如阿莫罗芬搽剂等，坚持使用有一定效果；口服药物里伊曲康唑等也较为常用。
外用药物：阿莫罗芬搽剂
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次即可，不过要注意，使用前需将病甲适当修整，这样能让药物更好渗透。但要注意，对阿莫罗芬过敏者禁用。环吡酮胺乳膏： 同样是外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，来影响真菌的代谢过程。涂抹在病甲部位，一天使用1 - 2次。不过，孕妇及哺乳期妇女使用时需谨慎，最好咨询医生。
口服药物：伊曲康唑
伊曲康唑： 属于口服抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，达到抗真菌效果。采用冲击疗法，一般是吃一周停三周为一个疗程，需要根据病甲生长情况来决定疗程数。但有严重肝病者禁用，而且使用前要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。通常每天服用一次，连续服用几周，具体时长根据病甲情况而定。不过，有严重肾功能不全者要慎用，使用期间也要注意监测肝功能等指标。
综合治疗方面
在治疗灰指甲时，还可以结合病甲的清除。比如用外科手术拔甲，不过这种方法创伤相对较大，现在应用相对少些。另外，要注意个人卫生，保持足部干燥清洁，避免与他人共用鞋袜、脚盆等物品，防止交叉感染。而且灰指甲治疗周期较长，一般需要几个月甚至更长时间，患者要有耐心，坚持按照医嘱用药和护理。