临床中眨眼眼睛疼痛的原因较多，常见的有眼睛过度疲劳、结膜炎、角膜炎、倒睫、外伤等。以下分别详细说明：
一、眼睛过度疲劳：
日常生活中长时间看手机或电脑等，会导致眼部疲劳，进而可能出现疼痛现象。缓解方法主要有热敷，可促进局部血液循环，减轻疼痛，必要时可遵医嘱局部点滴抗疲劳眼药水，如萘敏维滴眼液能缓解眼疲劳、结膜充血等，玻璃酸钠滴眼液可滋润眼睛、缓解不适。
二、结膜炎：
这是结膜组织的炎症性疾病，多由细菌感染引起，一般会有眼睛发红、干涩、发痒，以及疼痛等症状，导致眨眼时眼睛疼痛。可在专科医生指导下使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物来缓解。
三、角膜炎：
主要因感染导致，如细菌性角膜炎、真菌性角膜炎等，会使眼睛刺激症状明显，伴有眼部疼痛，从而出现眨眼疼痛情况。可遵医嘱使用抗生素眼药水治疗，如左氧氟沙星滴眼液、氯霉素滴眼液等。
四、倒睫：
指睫毛向眼球生长，可能摩擦角膜，引起眼部疼痛、流泪，还可能有异物感和眨眼疼痛。若倒睫数量少，可在手术显微镜下切除倒睫毛囊；倒睫数量多或反复发作，可行倒睫部位眼睑全层切除术、眼睑前层后徙术等手术治疗。
五、外伤：
受伤后眼睛疼痛可能是炎症刺激引起，可在专科医生指导下使用抗炎药物，如使用左氧氟沙星滴眼液，并口服头孢克肟胶囊促进恢复。
总之，导致眨眼眼睛疼痛的原因多样，应根据具体情况在医生指导下采取正确措施进行对症治疗。