宫颈细胞病毒感染最主要的原因是高危型人乳头瘤病毒（HPV）持续感染，据统计，约90%的宫颈病变与HPV感染相关。
性行为传播因素
初次性行为年龄小： 研究发现，初次性行为年龄小于16岁的女性，感染HPV的风险会显著增加。因为此时女性的生殖系统尚未完全发育成熟，局部免疫力相对较低，更容易受到HPV的侵袭。性伴侣数量多： 拥有多个性伴侣的人群，接触不同HPV亚型的机会大大增多，感染宫颈细胞病毒的概率也会明显升高。比如，有超过10个性伴侣的女性，感染高危型HPV的可能性比性伴侣少的女性高出数倍。
自身免疫力因素
免疫力低下时期： 当人体处于免疫力低下的状态时，如患有某些慢性疾病（像艾滋病等免疫系统疾病）、长期使用免疫抑制剂等情况，身体抵御HPV感染的能力会下降。例如，艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，感染HPV后发生宫颈病变的风险比正常人高很多倍。青春期与育龄期： 青春期女性身体处于生长发育阶段，育龄期女性由于生理周期等原因，相对来说免疫力可能会有波动，这两个时期女性感染宫颈细胞病毒的几率相对较高。比如，青春期女性的免疫系统还在不断完善，对HPV的抵抗力相对较弱；育龄期女性可能因为生活压力、内分泌变化等因素影响免疫力，增加了感染风险。
其他相关因素
吸烟： 吸烟会影响人体的免疫系统功能，降低机体对HPV的清除能力。有研究表明，吸烟女性感染高危型HPV的概率比不吸烟女性高，而且吸烟时间越长、吸烟量越大，感染风险越高。口服避孕药： 长期口服避孕药也可能对宫颈细胞病毒感染有一定影响。虽然具体机制还在研究中，但有数据显示，长期服用口服避孕药的女性，感染某些类型HPV的几率可能会有所变化，但总体来说，口服避孕药不是直接导致感染的主要原因，只是可能作为一个相关的影响因素存在。