肛门两侧长小疙瘩且伴有瘙痒症状，可能是肛周毛囊炎、尖锐湿疣、肛周湿疹等情况所致，具体如下：
一、肛周毛囊炎：
1.病因：经常搔抓肛周皮肤、自身免疫力降低以及葡萄球菌感染等可引发肛周毛囊发炎肿胀，形成肛周毛囊炎。
2.症状：患者常伴有瘙痒症状。
3.治疗：建议先用1:5000高锰酸钾溶液清洗肛门以控制炎症，同时要注意保持肛周皮肤干燥；还可涂抹抗生素软膏，如红霉素软膏、鱼石脂软膏、莫匹罗星软膏等。
二、尖锐湿疣：
1.病因：感染人乳头瘤病毒后在会阴部可出现尖锐湿疣。
2.症状：初期表现为肛周红色小丘疹，病情进展后丘疹增多且表面凹凸不平甚至呈菜花样变化，多数患者无自觉症状，但部分患者可能有瘙痒或疼痛表现。
3.治疗：主要采用综合治疗，包括药物治疗，如局部涂抹咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏，口服盐酸伐昔洛韦片等；手术治疗可采用CO2激光、电刀切除湿疣法、液体氮冷冻疗法等。
三、肛周湿疹：
1.病因：是一种肛周的过敏性皮肤病。
2.症状：患者会出现肛周皮疹、肛周瘙痒等，且容易复发。
3.治疗：针对肛周湿疹引起的小疙瘩和瘙痒症状，首先要做好会阴部护理，定期清洁并保持干燥；及时更换内衣内裤，避免接触刺激性物体；必要时可用抗组胺药物控制症状，如盐酸苯海拉敏片、复方水杨酸甲酯苯海拉明喷雾剂、马来酸氯苯那敏片等；瘙痒严重时也可外涂曲安奈德益康唑乳膏。
总之，当肛门两侧出现小疙瘩伴瘙痒时，要明确具体病因，然后采取针对性的治疗措施。同时，在日常生活中要注意肛周卫生和护理，以促进病情恢复和预防复发。