肛门两侧长小疙瘩可能是以下原因导致的：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。肛门周围的皮肤和黏膜是HPV感染的好发部位，初期为小而柔软的淡红色丘疹，逐渐增大增多，形成菜花状、鸡冠状的赘生物。
2.肛门湿疹：是一种常见的非传染性皮肤病，病变多局限于肛门周围皮肤，亦偶有蔓延至臀部、会阴及阴蒂，局部可出现红疹、红斑、糜烂、渗出、结痂、脱屑。
3.外痔：是齿状线以下的痔外静脉丛扩大曲张所形成的柔软静脉团，常因便秘、排便用力过大或持续剧烈运动，引起痔下静脉破裂出血和血栓形成。
4.肛周脓肿：是指肛门周围软组织发生的急性化脓性感染，脓肿形成后，患者肛门周围会出现肿块，伴有疼痛、发热等症状。
5.传染性软疣：是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病，好发于儿童和青年人，主要通过直接接触传染，也可自体接种。皮损表现为特征性有蜡样光泽的丘疹或结节，顶端凹陷，能挤出乳酪状软疣小体。
如果发现肛门两侧长小疙瘩，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，要注意保持肛门周围的清洁卫生，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。