肛门两侧长小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹、外痔、肛周脓肿、传染性软疣等原因引起，也可能是其他疾病导致，需要及时就医，明确诊断后进行治疗。
肛门两侧长小疙瘩可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染肛门周围皮肤黏膜引起，主要通过性接触传播。初起为小而柔软的淡红色丘疹，逐渐增大增多，表面凹凸不平，呈乳头样、蕈样或菜花样隆起，可有脓性分泌物，有恶臭。
2.扁平湿疣：是二期梅毒的一种表现，主要通过性接触传播。好发于肛周、外生殖器等部位，表现为扁平丘疹，表面湿润，可融合成斑块，质硬，可有溃疡。
3.肛门湿疹：是一种常见的非传染性皮肤病，病变多局限于肛门周围皮肤，亦偶有蔓延至臀部、会阴及阴蒂，局部可出现红疹、红斑、糜烂、渗出、结痂、脱屑。
4.外痔：是齿状线以下肛管皮肤下的静脉丛扩大、曲张所形成的柔软静脉团，常见于肛门左侧或右侧。
5.肛周脓肿：是指肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性化脓性感染，并形成脓肿，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。
6.传染性软疣：是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病，好发于儿童和青年人，主要通过直接接触传染，也可自体接种。
7.其他：如肛门部皮脂腺囊肿、脂肪瘤、肛裂等也可引起肛门周围长疙瘩。
总之，肛门两侧长小疙瘩的原因很多，需要及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。