肺栓塞的治疗需要综合评估病情，一般来说，治疗方法包括抗凝治疗、溶栓治疗以及手术治疗等。对于大部分患者，抗凝治疗是基础且常用的方法，如普通肝素一般需要持续应用数天，低分子肝素相对使用更方便，多数情况下可以皮下注射。
抗凝治疗的作用
抗凝治疗的主要目的是阻止血栓进一步扩大和新血栓形成，为机体自身纤溶系统溶解血栓创造条件。常用的抗凝药物有华法林，不过使用华法林时需要定期监测国际标准化比值（INR），使其维持在2-3之间才能起到较好的抗凝效果，而且华法林容易受食物和其他药物影响，用药过程中需特别注意。新型口服抗凝药如利伐沙班等也逐渐被广泛应用，这类药物不需要频繁监测INR，但价格相对可能较高。
溶栓治疗的情况
溶栓治疗适用于高危肺栓塞患者，也就是那些有明显血流动力学不稳定表现的患者。溶栓可以快速溶解血栓，恢复肺组织灌注。常用的溶栓药物有尿激酶、链激酶和重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等。比如rt-PA，一般采用静脉推注的方式，在2小时内给予50-100mg的剂量，但溶栓治疗有出血的风险，需要严格评估患者的出血倾向等情况。
手术治疗的情况
手术治疗主要用于那些经过积极内科治疗无效的患者。肺栓子切除术是一种比较激进的手术方式，风险相对较高，一般适用于病情非常危急且有溶栓禁忌的患者。另外，导管碎解和抽吸血栓也是一种手术方法，通过导管将血栓破碎并抽吸出来，相对来说创伤可能比肺栓子切除术小一些，但也需要严格掌握适应证。比如对于一些急性大面积肺栓塞且存在溶栓禁忌的患者，可考虑这种手术方式。