肺栓塞最好的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，急性肺栓塞常用的治疗包括抗凝治疗等，在发病的最初14天内，抗凝是关键措施，能有效防止血栓进一步形成和复发，约90%的肺栓塞患者可通过规范抗凝等治疗取得较好效果。
抗凝治疗药物选择
普通肝素： 通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥抗凝作用，需监测活化部分凝血活酶时间（APTT）来调整剂量，使APTT维持在正常对照值的1.5~2.5倍。低分子肝素： 生物利用度高，出血风险相对普通肝素较低，一般无需常规监测凝血功能，可皮下注射，如达肝素钠、依诺肝素等。
溶栓治疗情况
适用人群： 对于大面积肺栓塞（有明显呼吸困难、胸痛、低氧血症等），发病时间在14天内的患者可考虑溶栓治疗。常用的溶栓药物有尿激酶、重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等。尿激酶一般负荷量4400U/kg，继以4400U/（kg·h）持续静脉滴注2小时；rt-PA可采用50~100mg持续静脉滴注2小时。禁忌证： 有活动性内出血、近期自发性颅内出血等情况的患者禁忌溶栓。
手术治疗方式
肺动脉血栓摘除术： 适用于经积极的内科治疗无效的紧急情况，如病情严重的大面积肺栓塞，手术风险较高，病死率相对也较高。经皮导管介入治疗： 包括导管溶栓、碎栓、取栓等。导管溶栓是通过导管将溶栓药物直接注入血栓部位，提高局部药物浓度；碎栓和取栓则是利用特殊器械将血栓破碎或取出，对于部分患者可作为一种治疗选择，但有一定的操作要求和适应证。