怀孕13周肚子隐隐作痛的原因包括以下几种：
一、正常生理现象：在怀孕13周时，随着胎儿逐渐发育长大，子宫也会相应地逐渐增长，这容易对周围的组织以及韧带有牵拉和挤压作用，从而引起肚子隐隐作痛，这属于正常的生理表现。这种情况下，孕妇通常不会有其他明显的不适症状，疼痛一般也比较轻微，且是间歇性的。
二、先兆流产：会导致肚子隐隐作痛，同时还可能出现阴道少量出血现象，并且出血时间可能较长。一旦确诊为先兆流产，需要及时进行保胎治疗。医生会根据具体情况制定相应的保胎方案，孕妇需要严格遵医嘱进行治疗和休息。
三、胃肠功能紊乱：饮食不当、腹部着凉等因素可诱发胃肠功能紊乱，进而导致肚子隐隐作痛，还常伴有恶心、腹泻等症状。比如饮食上食用了过多生冷、油腻或刺激性食物，或者腹部受到寒冷刺激等。此时，孕妇需要调整饮食，注意腹部保暖。
四、胃肠道不适：可能是因为吃了不洁的食物而引起胃肠不适，表现为肚子隐痛。这种情况下，孕妇要注意合理饮食，避免食用不洁或可能引起不适的食物。
五、其他疾病原因：如急性胰腺炎、子宫肌瘤变性、卵巢蒂扭转等疾病，也会导致孕妇肚子痛。这时应尽早前往医院进行检查，以便明确病因并进行对症治疗。
总之，当怀孕13周出现肚子隐隐作痛且症状持续较久时，孕妇应及时就医进行检查，确定具体病因后，在医生的指导下采取相应的治疗措施，以避免造成严重后果。