怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉、收缩等不适感，从而引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不会持续很长时间。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这种拉伸也可能会引起肚子隐隐作痛，尤其是在子宫增大较快或活动较多时。
3.其他原因：除了上述原因外，怀孕三个月肚子隐隐作痛还可能与其他因素有关，如消化不良、肠道问题、腹部受凉等。
需要注意的是，如果肚子隐隐作痛的同时，还伴有阴道出血、剧烈腹痛、发热等异常症状，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。
对于怀孕三个月肚子隐隐作痛的情况，建议采取以下措施：
1.注意休息：避免过度劳累和剧烈运动，保证充足的睡眠。
2.调整饮食：避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多吃易消化、富含营养的食物。
3.注意保暖：避免腹部受凉，尤其是在空调房间里要注意腹部保暖。
4.放松心情：保持心情愉悦，避免紧张、焦虑等不良情绪。
5.按时产检：按照医生的建议，按时进行产检，以确保胎儿的健康发育。
如果肚子隐隐作痛的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便医生进行详细的检查和诊断，并给予相应的治疗。