甲状腺激素偏低通常是由多种原因引起的。比如自身免疫性疾病，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），约占甲状腺功能减退病因的90%左右。另外，甲状腺手术切除部分或全部甲状腺组织，以及放射性碘治疗甲亢过程中，也可能导致甲状腺激素偏低。还有下丘脑 - 垂体病变，当下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素（TRH）不足，或垂体分泌促甲状腺激素（TSH）减少时，也会影响甲状腺激素的合成与分泌，进而造成甲状腺激素偏低。
自身免疫性疾病因素
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎，是因为自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和释放。患者可能会出现甲状腺肿大等表现，需要定期监测甲状腺功能。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能间接影响甲状腺功能导致激素偏低，但相对慢性淋巴细胞性甲状腺炎来说，关联程度稍低。比如1型糖尿病患者中，同时合并甲状腺自身免疫病的概率也有一定比例，可能会影响甲状腺激素水平。
甲状腺手术及放射性治疗因素
甲状腺手术： 如果因甲状腺结节、甲亢等疾病进行甲状腺手术时，切除了过多的甲状腺组织，剩余的甲状腺组织不能产生足够的甲状腺激素，就会出现甲状腺激素偏低的情况。一般手术切除组织越多，发生甲状腺功能减退的风险越高。放射性碘治疗： 用于治疗甲亢时，放射性碘会破坏甲状腺细胞，虽然能减少甲状腺激素的释放从而治疗甲亢，但也可能导致甲状腺细胞损伤过度，之后出现甲状腺激素合成不足，一般在治疗后的几个月到几年内可能逐渐出现甲状腺激素偏低的情况。
下丘脑 - 垂体病变因素
下丘脑病变： 当下丘脑发生肿瘤、炎症等病变时，会影响促甲状腺激素释放激素的分泌，促甲状腺激素释放激素减少，就会导致垂体分泌促甲状腺激素减少，进而使甲状腺激素分泌不足。例如下丘脑部位的肿瘤可能压迫周围组织，影响激素分泌功能。垂体病变： 垂体瘤、垂体炎症等病变会导致促甲状腺激素分泌减少，从而影响甲状腺激素的合成。垂体瘤如果压迫垂体组织，可能会影响促甲状腺激素的正常分泌，使得甲状腺得不到足够的刺激来产生甲状腺激素。