卵巢囊肿和巧克力囊肿在病因、症状、治疗以及发病年龄等方面存在区别，且都有复发可能。具体如下：
一、病因
1.卵巢囊肿：指卵巢内或表面形成的囊状结构，囊内有液体或固态物质，与遗传、环境、饮食等因素相关。
2.巧克力囊肿：可能因经血逆流、淋巴及静脉淤积、医源性损伤等原因导致。
二、症状
1.卵巢囊肿：通常无症状，部分患者会有下腹部不适、性交疼痛、月经异常等表现。
2.巧克力囊肿：主要体现为月经异常、性交疼痛、不孕等症状。
三、治疗
1.卵巢囊肿：若囊肿体积小且无症状，可不治疗；体积大时可通过卵巢囊肿剥除术、患侧卵巢切除术等手术方式治疗。
2.巧克力囊肿：无生育需求者可遵医嘱用孕激素类药物如黄体酮、地屈孕酮等治疗，必要时可行腹腔镜手术、开腹手术等。
总之，卵巢囊肿和巧克力囊肿有诸多不同，患者应及时就医，配合医生进行针对性治疗。