卵巢巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别如下：
1.定义不同：卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变；卵巢囊肿是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类。
2.病因不同：卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢，异位的子宫内膜在卵巢内生长，周期性出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿；卵巢囊肿的发病原因尚不清楚，可能与遗传、环境、内分泌等因素有关。
3.症状不同：卵巢巧克力囊肿的主要症状是痛经、性交痛、月经失调等；卵巢囊肿的症状与囊肿的大小、位置、性质等有关，可能会出现腹部肿块、腹胀、腹痛等症状。
4.治疗方法不同：卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要有药物治疗、手术治疗等；卵巢囊肿的治疗方法主要有观察、手术治疗、药物治疗等。
5.预后不同：卵巢巧克力囊肿的预后与囊肿的大小、位置、治疗方法等有关，一般来说，囊肿较小、症状较轻的患者预后较好；卵巢囊肿的预后与囊肿的性质、大小、位置等有关，一般来说，良性囊肿、较小囊肿的预后较好。
需要注意的是，卵巢巧克力囊肿和卵巢囊肿的区别可能并不明显，需要通过B超、CT、腹腔镜等检查方法进行诊断。如果出现卵巢巧克力囊肿或卵巢囊肿的症状，应及时就医，明确诊断，并根据医生的建议进行治疗。