肠炎治疗药物需根据病情选择，一般来说，常用的有益生菌类药物等。比如双歧杆菌四联活菌片，可调节肠道菌群，改善肠炎引起的肠道功能紊乱，通常成人一次2-3片，一日3次。
益生菌类药物：
双歧杆菌四联活菌片： 能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对肠道菌群失调引起的肠炎有一定作用。它含有婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等多种有益菌。枯草杆菌二联活菌颗粒： 可直接补充正常生理活菌，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于因肠道菌群失调引起的肠炎等肠道疾病。
抗炎类药物：
柳氮磺吡啶： 主要用于治疗溃疡性结肠炎等肠炎。它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸可能是通过抑制前列腺素的合成而发挥其减轻炎症的作用。但对磺胺类药物过敏者、孕妇、哺乳期妇女等应慎用。美沙拉嗪： 适用于溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病引起的肠炎。它可以抑制引起炎症的前列腺素的合成和炎性介质白三烯的形成，从而对肠道炎症起到抗炎作用。肾功能不全者慎用，用药期间需监测肾功能。
止泻类药物：
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，对消化道黏膜有覆盖能力，并通过与黏液糖蛋白相互作用，从质和量两方面修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能。成人及儿童肠炎腹泻时均可服用，服用时需注意要将本品倒入50毫升温水中摇匀服用。黄连素片： 具有一定的抗菌作用，对于肠道细菌感染引起的肠炎导致的腹泻有一定疗效。但需注意，对黄连素过敏者禁用，溶血性贫血患者及葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶缺乏患者禁用。