先兆流产的原因较为复杂，其中染色体异常是常见因素之一，约50%~60%的早期自然流产是由于胚胎染色体异常导致的。另外，母体方面的因素也不容忽视，比如内分泌失调，像黄体功能不全，会使得孕激素分泌不足，影响子宫内膜的蜕膜化，从而增加先兆流产风险；还有甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足也可能干扰妊娠过程引发先兆流产。
母体全身性疾病因素
感染方面： 孕妇如果受到细菌、病毒感染，比如孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病原体可能通过胎盘影响胚胎发育，引发先兆流产。例如孕妇感染弓形虫，可导致胎儿畸形、流产等情况。慢性疾病影响： 患有如高血压、心脏病、糖尿病等慢性疾病的孕妇，若病情控制不佳，身体内环境不稳定，也容易出现先兆流产。比如糖尿病孕妇，血糖控制不好时，高血糖环境会影响胚胎的生长发育。
生殖器官异常因素
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，像纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育空间，增加先兆流产几率。另外，子宫肌瘤也可能对妊娠产生不良影响，如果肌瘤较大或者位置特殊，会干扰子宫的正常妊娠环境。宫颈机能不全： 宫颈内口松弛，在妊娠中晚期可能无法维持妊娠，而在早孕期也可能出现先兆流产迹象，尤其是既往有宫颈手术史的孕妇更容易发生。
免疫因素影响
自身免疫异常： 孕妇自身存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病，体内的自身抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，导致先兆流产。同种免疫异常： 母胎免疫耐受失衡，母体免疫系统对胚胎产生排斥反应，也会引发先兆流产。比如一些孕妇的免疫系统不能识别胚胎作为“自身组织”，从而产生免疫攻击。