婴儿肛瘘的治疗并无绝对的最佳方式。肛瘘主要靠手术治疗，药物治疗基本无效，然而婴儿因年龄小，手术操作困难且术后护理不易，所以一般先采取保守治疗，等5岁后再考虑手术。婴儿肛瘘多因新生儿腹泻污染肛周致肛旁脓肿，而后穿溃出脓形成。
一、婴儿肛周皮肤娇嫩，肛门括约肌较松弛宽阔，易被粗糙尿布擦伤或引起黏膜外翻损伤。
二、小儿肛瘘管道相对短浅，排脓后症状能很快减轻，且多数可自愈，部分患儿会随年龄增长自愈。
1.因此，通常主张尽量避免手术治疗。
(1)日常要注意局部清洁卫生。
(2)多吃粗纤维食物，利于大便通畅。
(3)对症处理，每日清洁肛门并坐浴。
(4)可在医生指导下适当使用抗生素，如头孢类，局部可用金黄如意膏外敷等进行消炎、消肿治疗，以控制和减少脓肿发生，加速自愈。
三、对反复发作且不能自愈的患儿，要择期至能承受手术时再手术，治疗可采用微创技术，找到原发内口并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，手术年龄以5至10岁为宜。
四、家长切不可自行将脓肿刺破或挤脓，以免引发感染等意外情况。另外，术后也要注重患处的消毒和护理。
总之，对于婴儿肛瘘的治疗要综合考虑，根据具体情况选择合适的方法，同时要做好各方面的护理和注意事项。