婴儿肛瘘的治疗不存在绝对的最好方式。肛瘘治疗通常以手术为主，而药物治疗基本不起作用，但鉴于婴儿年龄小，手术操作困难且术后护理难度大，一般先建议采取保守治疗，等其5岁后再考虑手术治疗。婴儿肛瘘多因新生儿腹泻污染肛周，进而引发肛旁脓肿，破溃出脓而形成。婴儿肛周皮肤极为娇嫩，肛门括约肌相对松宽，容易被粗糙尿布擦伤，或因黏膜外翻而受损。由于小儿肛瘘管道较短浅，排脓后症状通常能很快缓解，且多数可自愈，部分患儿也会随着年龄增长而自愈。
一、因此，一般主张尽量避免手术治疗，日常要注意局部清洁卫生，多食用粗纤维食物以利于大便通畅。
1.还要进行对症处理，每日清洁肛门并坐浴。
(1)可在医生指导下适当使用抗生素，如头孢类。
(2)局部可用金黄如意膏外敷等进行消炎、消肿治疗，以控制和减少脓肿发生，加速自愈。
二、对反复发作且不能自愈的患儿，要选择合适时机，到其能承受手术时再进行手术治疗，治疗可采用微创技术，找到原发内口，并将感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，手术年龄适宜在5至10岁。
1.家长切不可自行将脓肿刺破或挤脓，以免引发感染等意外情况。
2.另外，术后也要重视患处的消毒和护理。
总之，对于婴儿肛瘘，要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时要做好日常护理和注意事项，以促进患儿康复。