紧急避孕药主要通过抑制排卵、阻止受精或干扰着床来发挥作用。一般在无防护性性生活或避孕失败后72小时内服用有效。
抑制排卵原理
紧急避孕药中的主要成分通常是左炔诺孕酮等。这类激素成分会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，抑制卵泡的发育和排卵。例如，正常情况下，女性的垂体分泌促性腺激素，促进卵巢排卵，而紧急避孕药中的激素会干扰这种正常的激素分泌调节，使卵巢无法正常排出卵子，从而避免了精子与卵子结合形成受精卵。
阻止受精原理
它还可能改变宫颈黏液的性状。正常的宫颈黏液在排卵期会变得稀薄、透明，有利于精子通过。但服用紧急避孕药后，宫颈黏液会变得黏稠，这样就会阻碍精子穿过宫颈进入宫腔，进而阻止精子与卵子相遇结合，达到避孕的目的。一般来说，宫颈黏液的这种改变会持续一段时间，在这段时间内，精子难以顺利通过宫颈到达输卵管与卵子结合。
干扰着床原理
紧急避孕药有时还会干扰子宫内膜的正常发育。受精卵形成后需要着床在子宫内膜上才能继续生长发育。而紧急避孕药可能会使子宫内膜变得不利于受精卵着床，比如使子宫内膜变薄或者出现异常的分泌变化等，即使精子和卵子已经结合形成了受精卵，也难以在这样的子宫内膜上着床，从而实现避孕效果。不过需要注意的是，紧急避孕药干扰着床的作用相对较弱，主要还是依靠前两种机制来发挥避孕功效。并且，紧急避孕药不能作为常规避孕方法，一个月经周期内一般只能服用一次，一年中服用也不宜超过3次，频繁服用可能会导致月经紊乱等不良反应。