小便肾疼可能是由以下原因导致。
一、尿道结石：患者在小便时，结石排入后尿道，结石会摩擦输尿管黏膜，进而可能引发输尿管痉挛，这就会使患者出现小便肾疼的状况。对此，患者可在医生指导下使用药物来治疗，比如肾石通颗粒、排石颗粒等，这些药物有助于结石的排出。
二、输尿管膀胱反流：当患者患上这种疾病后，膀胱内压力会升高，就会导致小便时尿液通过反流的输尿管到达肾部，从而出现小便肾疼的症状。患者可以遵医嘱服用复方磺胺甲噁唑分散片、阿莫西林等药物来进行治疗。
三、肾盂肾炎：肾炎指的是肾部出现炎症的一种疾病。患病后炎症刺激局部黏膜，会导致肾疼，有时就表现为小便肾疼。患者需要按照医生的叮嘱使用盐酸米诺环素胶囊、头孢克肟颗粒等药物进行治疗。
总之，当出现小便肾疼时，应及时就医，明确具体病因，并在医生的指导下进行针对性的治疗。