先天性巨结肠和婴儿便秘都是婴幼儿常患的肠道疾病，两者在病因、发病时间、症状等方面存在明显差异，具体如下：
一、病因：
1.先天性巨结肠属于结肠的先天性异常，主要是由于结肠肠壁神经元发育异常所导致。
2.婴儿便秘则可能由喂养方式不当、运动量缺乏、乳糖不耐受等多种因素引发。
二、发病时间：
1.先天性巨结肠通常在婴儿出生后的数天或数周内就会显现症状。
2.婴儿便秘有可能在出生后的数月内出现。
三、症状：
1.先天性巨结肠的典型表现有腹泻、腹胀、呕吐、肠梗阻等。
2.婴儿便秘主要体现为排便困难、大便干结、排便耗时较长等。
除上述常见区别外，还可能存在其他差异，例如治疗手段、检查方式等。要是婴儿出现异常状况，建议尽快前往医院进行相关检查，明确病因后给予对症治疗。
总结：文章阐述了先天性巨结肠和婴儿便秘在病因、发病时间、症状方面的不同，还提到可能存在其他区别，强调婴儿异常时应及时就医检查并对症治疗。