新生儿癫痫的原因较多，其中约40%与遗传因素有关，比如某些特定的基因突变可导致新生儿癫痫发生。
一、产前因素
母体疾病影响： 孕妇在孕期如果感染了风疹、巨细胞病毒等病毒，这些病毒可能通过胎盘影响胎儿，增加新生儿癫痫的风险。例如，孕期感染风疹病毒，胎儿发生神经系统异常包括癫痫的几率会升高。胎儿发育异常： 胎儿在宫内发育时，如果出现脑部结构畸形，像脑回畸形、灰质异位等，就容易引发新生儿癫痫。比如脑回畸形会导致大脑神经元的异常放电，从而引发癫痫发作。
二、产时因素
产程异常： 分娩过程中如果出现早产、难产、胎儿窒息等情况，会使新生儿脑部缺氧缺血。一般来说，胎儿窒息时间超过5分钟，就会明显增加新生儿癫痫的发生概率。例如，难产导致胎儿长时间缺氧，脑部细胞受损，进而引发癫痫。产伤： 分娩时如果胎儿头部受到过度挤压等产伤，造成脑部出血、挫伤等，也可能引发新生儿癫痫。比如产钳助产过程中操作不当，可能导致胎儿脑部损伤，引发癫痫。
三、产后因素
感染因素： 新生儿出生后如果发生颅内感染，如脑膜炎、脑炎等，炎症会刺激大脑神经元，导致异常放电引发癫痫。例如，新生儿患细菌性脑膜炎，就有较高的癫痫发病风险。代谢紊乱： 新生儿如果出现低血糖、低血钙等代谢紊乱情况，也可能引起癫痫。比如新生儿低血糖持续超过24小时，就可能诱发癫痫发作，因为低血糖会影响脑部能量供应，导致神经元功能异常。