有牙窟窿牙疼，可能是急性根尖周炎、龋齿、牙髓炎等导致的，原因不同，处理方式也各异，只有对症治疗，才能够有效止痛。具体如下：
一、急性根尖周炎：随着根尖周组织炎症的进展，疼痛会不断加剧直至剧痛。患牙会有浮起感，轻轻叩击或咀嚼都可能致使患牙剧痛，患牙牙根对应的牙龈黏膜会红肿且有压痛感，当脓肿穿破牙槽骨和骨膜后，就会出现有牙窟窿牙疼的情况。在多数临床情形下通常不使用抗生素，而对于因牙科疾病而全身受到影响比如出现不适或发烧的患者，或者当病情发展到全身受累风险较高时，则使用广谱抗生素如氯霉素、金霉素等。根管治疗术是治疗根尖周炎的首选方法，牙髓血运重建术则较多用于治疗年轻恒牙根尖周炎。
二、龋齿：健康牙齿的表面应该是完整、光滑且有光泽的。后期在细菌、饮食、宿主、时间等共同作用下形成龋洞，从而会出现有牙窟窿牙疼现象。可以通过如刷牙、使用牙线、间隙刷、餐后漱口等方式有效清除菌斑，同时要健康饮食，控制糖的摄入并减少糖的进食频率。药物治疗方面可采用氟化物防龋，常用的氟化物有75％氟化钠甘油糊剂、8％氟化亚锡溶液等，使用氟化铵银制剂处理龋洞可使龋损停止进展。手术治疗有：(1)充填术，针对牙体组织实质缺损且不能自行修复的患者；(2)嵌体修复，主要适用于牙体组织缺损较大者；(3)根管修复术，可优先去除患者牙齿内的感染物，然后通过充填根管、封闭冠部等进行治疗。
三、牙髓炎：引发牙髓炎的病菌主要是细菌，当发生牙体感染、血源感染、牙周感染时会引发牙髓炎，发生严重龋齿、外伤性牙折或钻磨牙体时导致牙齿外露，牙髓炎症向根部扩展，就会形成有牙窟窿牙疼。一般治疗可分为以保存牙髓为目的和以保存患牙为目的的治疗，常见药物如布洛芬、双氯芬酸钠等用于止痛。手术治疗有：(1)直接盖髓术，主要适用于外伤时的露髓和治疗操作时露髓孔很小的年轻恒牙及恒牙的治疗；(2)间接盖髓术，适用于深龋引起的可复性牙髓炎患牙。
总之，当出现有牙窟窿牙疼时，需要明确具体病因，然后采取针对性的治疗措施来缓解疼痛和解决问题。要注意药物需在医生指导下使用，切勿盲目自行用药。