头孢克肟和头孢丙烯都是头孢类抗生素，但它们有一些区别。一般来说，头孢克肟对部分革兰阴性菌的抗菌活性相对较强，而头孢丙烯对部分革兰阳性菌的作用可能更突出。
抗菌谱方面
头孢克肟：主要对肺炎球菌、淋球菌、流感杆菌、副流感杆菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属等革兰阴性菌有较好的抗菌作用。比如对一些由流感杆菌引起的感染可能效果较好。头孢丙烯：对金黄色葡萄球菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、肺炎链球菌等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）等革兰阴性菌有抗菌活性。像对一些由金黄色葡萄球菌引起的轻度感染可能有一定作用。
药代动力学方面
头孢克肟：口服后吸收迅速，约40% - 50%被吸收。食物对其吸收影响不大。头孢丙烯：口服吸收良好，空腹口服约95%吸收，进食不影响其吸收量，但会使达峰时间延迟约0.5 - 1小时，血药峰浓度降低约35%。
适应证方面
头孢克肟：可用于治疗支气管炎、支气管扩张合并感染、慢性呼吸道疾患继发感染，肺炎；肾盂肾炎、膀胱炎、淋球菌性尿道炎；胆囊炎、胆管炎；猩红热；中耳炎、副鼻窦炎等。头孢丙烯：主要用于敏感菌所致的下列轻、中度感染，如肺炎链球菌、化脓性链球菌所致的急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作；肺炎链球菌、流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）和卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）所致的社区获得性肺炎；大肠杆菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、奇异变形杆菌、肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌所致的急性膀胱炎、急性肾盂肾炎等。在使用这两种药物时，都需要注意对头孢菌素类过敏的患者禁用。而且儿童用药需要在医生的严格指导下进行，因为不同年龄段儿童的代谢等情况不同，要根据体重等因素来合理选择和使用，同时要注意观察用药后的反应，如出现过敏等不适症状要及时就医。