头孢克肟和头孢丙烯都属于头孢菌素类抗生素，但它们在抗菌谱、药代动力学等方面存在区别。一般来说，头孢克肟对链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌等革兰阳性菌以及大肠杆菌、克雷伯菌属等革兰阴性菌有较好的抗菌活性；头孢丙烯对肺炎链球菌、化脓性链球菌等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）等革兰阴性菌有抗菌作用。
抗菌谱方面的区别
头孢克肟： 对部分革兰阳性菌如肺炎链球菌等有作用，对革兰阴性菌中的大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌等有较好抗菌活性，对铜绿假单胞菌的作用较弱。例如，对于一些由肺炎链球菌引起的轻度呼吸道感染，头孢克肟可能有较好疗效。头孢丙烯： 对革兰阳性菌中的肺炎链球菌、化脓性链球菌等作用较强；对革兰阴性菌中的流感嗜血杆菌（包括产酶株）、卡他莫拉菌（包括产酶株）等有一定抗菌活性，对铜绿假单胞菌的作用也较弱。比如，在治疗由化脓性链球菌导致的轻度皮肤和软组织感染时，头孢丙烯可能发挥作用。
药代动力学方面的区别
头孢克肟： 口服后吸收迅速，生物利用度约为40% - 50%，进食对其吸收影响不大。血药浓度达峰时间约为2 - 4小时。头孢丙烯： 口服吸收良好，生物利用度约为37%，进食可影响其吸收速度，但不影响吸收程度。血药浓度达峰时间约为1.5 - 2.5小时。
临床应用方面的区别
头孢克肟： 常用于治疗敏感菌引起的呼吸道感染，如支气管炎、肺炎；泌尿系统感染，如肾盂肾炎、膀胱炎；胆道感染等。例如，对于成人急性支气管炎继发细菌感染，可考虑使用头孢克肟。头孢丙烯： 可用于治疗敏感菌引起的上呼吸道感染，如中耳炎、鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎；下呼吸道感染，如急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作；皮肤和软组织感染等。比如，儿童急性中耳炎如果是由敏感菌引起，头孢丙烯可能是可选药物之一。在使用这两种药物时，都需要注意是否有头孢菌素类过敏史，有过敏史者禁用。而且都要在医生的指导下使用，医生会根据感染的具体情况、患者的个体差异等因素来选择合适的药物。