头孢丙烯和头孢克肟都属于头孢菌素类抗生素，但它们有一些区别。头孢丙烯口服后约95%以原形经尿排泄，血浆消除半衰期约为1.3小时；头孢克肟口服后约40%~50%以原形经尿排泄，血浆消除半衰期约为3~4小时。
抗菌谱方面
头孢丙烯： 对革兰阳性菌中的金黄色葡萄球菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、肺炎链球菌、化脓性链球菌有较好的抗菌活性；对革兰阴性菌中的流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）有一定抗菌作用。常用于敏感菌所致的上呼吸道感染、下呼吸道感染、皮肤和皮肤软组织感染等。例如，对于化脓性链球菌引起的咽炎、扁桃体炎等有一定疗效。头孢克肟： 对链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等有较好的抗菌作用。主要用于治疗支气管炎、支气管扩张合并感染、慢性呼吸道疾患继发感染、肺炎；肾盂肾炎、膀胱炎、淋球菌性尿道炎；胆囊炎、胆管炎；猩红热；中耳炎、副鼻窦炎等。比如，对于淋球菌引起的尿道炎有一定的治疗效果。
药代动力学方面
头孢丙烯： 口服吸收良好，空腹口服约95%吸收，服药后1.5小时左右达到血药峰浓度。食物对头孢丙烯的吸收影响不大，但空腹服用时血药峰浓度约为空腹的2~3倍。头孢克肟： 口服后吸收迅速，空腹口服后约4小时达到血药峰浓度。食物可影响头孢克肟的吸收，饭后服用时血药峰浓度约为空腹的1/2。
不良反应方面
头孢丙烯： 常见的不良反应有胃肠道反应，如腹泻、恶心、呕吐等；过敏反应，如皮疹、荨麻疹等，一般症状较轻。少数患者可能出现肝功能异常、嗜酸性粒细胞增多等。头孢克肟： 常见的不良反应包括腹泻、皮疹、药物热等，也可能引起转氨酶升高等肝功能异常，还可能导致菌群失调，出现口腔炎、念珠菌病等。极少数患者可能出现严重的过敏反应、间质性肾炎等。在使用这两种药物时，都需要在医生的指导下根据感染的病原菌、感染部位等情况合理选用，并且要注意药物的禁忌证，比如对头孢菌素类抗生素过敏者禁用等，同时要关注用药后的不良反应，如有异常及时就医。