治疗肛窦炎并没有绝对“最好”的药，通常会根据病情选择合适药物。一般常用的有抗生素类药物等，比如口服头孢类抗生素等，可起到抗炎作用，不过具体用药需遵医嘱。
抗生素类药物
口服抗生素： 对于细菌感染引起的肛窦炎，常可选用头孢类抗生素，如头孢克肟等，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过要注意，对头孢类药物过敏者禁用。外用抗生素： 还可使用甲硝唑栓等外用栓剂，将其塞入肛门内，直接作用于肛窦部位，起到抗菌消炎的效果。使用时要注意按照正确方法操作，避免损伤肛门黏膜。
中药坐浴药物
清热解毒类中药： 像黄柏、苦参等中药组成的方剂进行坐浴，能起到清热解毒、消肿止痛的作用。一般可以将这些中药煎水后，进行肛周坐浴，每次坐浴时间可控制在15~20分钟左右，每天可坐浴1~2次。但要注意，坐浴时水温不宜过高，以免烫伤皮肤。燥湿止痒类中药： 比如白鲜皮等中药，配合其他药物坐浴，有助于缓解肛窦炎引起的瘙痒等症状。在坐浴过程中，如果出现局部皮肤红肿加重等不适情况，应立即停止坐浴并就医。
缓解症状的药物
止痛药物： 当肛窦炎引起明显疼痛时，可短期使用布洛芬等非甾体抗炎止痛药物来缓解疼痛。不过布洛芬对胃肠道有一定刺激性，有胃溃疡等病史的患者要慎用，且不宜长期大量使用。润肠通便药物： 为了避免便秘加重肛窦炎病情，可适当使用麻仁润肠丸等润肠通便药物。但这类药物也不能长期依赖，平时还应通过调整饮食结构等方式来保持大便通畅，比如多吃蔬菜水果，增加膳食纤维摄入等。