治疗肛窦炎常用的药物有抗生素类、局部外用药物等。一般来说，可选用甲硝唑等抗生素来控制炎症，同时配合局部使用痔疮栓等药物。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抗菌作用，可用于肛窦炎因厌氧菌感染引发炎症的情况。它能抑制细菌的DNA合成，从而干扰细菌的生长、繁殖，达到杀菌消炎的目的。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝唑。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于广谱抗生素，对多种细菌有抗菌活性。对于由敏感菌引起的肛窦炎有一定的治疗作用，能抑制细菌细胞壁的合成，使细菌不能生长繁殖。但对头孢类药物过敏者禁用。
局部外用药物
痔疮栓： 像肛泰栓等，具有清热解毒、消肿止痛的作用。将其塞入肛门内，可直接作用于肛窦部位，减轻局部的炎症、肿胀，缓解疼痛等症状。使用时要注意洗净双手，轻轻将栓剂塞入肛门内适当深度。中药坐浴剂： 例如一些含有黄柏、苦参等中药成分的坐浴剂，通过坐浴可以清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症反应。一般是将适量的坐浴剂加入温水中，坐浴15 - 20分钟左右，每天可进行1 - 2次。但如果对坐浴剂中的某些中药成分过敏，则不适合使用。
对症辅助药物
止痛药： 当肛窦炎引起较为明显的疼痛时，可短期使用止痛药，如布洛芬缓释胶囊等。它能通过抑制前列腺素的合成，发挥镇痛、抗炎的作用。不过，有消化道溃疡病史者要慎用布洛芬，且不能长期大量使用。