避孕药的副作用因类型不同有所差异，常见的复方短效口服避孕药，部分人在服药初期可能出现类早孕反应，如恶心、呕吐等，发生率约为10%左右，一般坚持服药2-3个月后会逐渐减轻或消失。
月经方面的副作用
月经周期改变： 可能会使月经周期变得不规律，有的女性服药后月经提前，有的则会推迟。比如部分女性服用复方短效避孕药后，约有5% - 10%会出现月经提前现象，而约3% - 8%会出现月经推迟情况。月经量变化： 可能导致月经量减少，甚至有人会出现闭经情况。一般月经量减少的发生率在15%左右，而闭经的发生率相对较低，约1% - 2%，但如果闭经时间超过3个月，就需要及时就医评估。
体重和代谢方面的副作用
体重变化： 少数人服药后体重会增加，这可能与药物中雌激素成分导致水钠潴留有关，一般增重幅度在1 - 5公斤左右。不过也有部分人服药后体重无明显变化，还有极少数人可能会出现体重减轻的情况。代谢影响： 可能对脂代谢有一定影响，比如可能会使低密度脂蛋白轻度升高，高密度脂蛋白轻度降低，但这种影响通常比较轻微，一般在停药后会逐渐恢复正常。不过有高血脂家族史的女性服用避孕药时需要密切关注血脂变化。
其他方面的副作用
乳房不适： 部分女性服药后会出现乳房胀痛、触痛等情况，发生率约为10% - 15%，一般在服药初期比较明显，随着服药时间延长可能会有所缓解，但如果乳房不适持续不缓解或加重，需要就医检查。情绪变化： 个别人可能会出现情绪波动，如抑郁、烦躁等，但这种情况相对较少见，发生率低于5%，不过如果出现明显的情绪异常，也需要引起重视，必要时考虑更换避孕方式。