避孕药可能会带来一些副作用，比如约有10%~20%的女性在服用短效口服避孕药初期，会出现类早孕反应，像恶心、呕吐、头晕、乏力等，一般在服药1~3个月后会逐渐减轻或消失。
月经方面的影响
月经周期改变：部分女性服用避孕药后，月经周期可能会缩短或延长。比如有些女性原本月经周期是28天，服药后可能变成25天左右；也有少部分人会出现月经周期延长至35天以上的情况。月经量变化：可能会出现月经量减少的情况，甚至有些女性会出现闭经现象，但这种情况相对较少见；不过也有少数人会出现月经量增多的情况。
身体其他不适
体重变化：少数人服用避孕药后会出现体重增加的情况，这可能是因为避孕药中的某些成分导致水钠潴留或者影响了代谢，但一般增重幅度不大，通常在5斤以内；不过也有个别人群体重会减轻。情绪波动：个别女性服用避孕药后可能会出现情绪上的变化，比如变得焦虑、抑郁或者情绪不稳定等，但这种情况发生的概率相对较低。
对健康的潜在影响
血栓风险：虽然概率较低，但长期服用某些类型的避孕药，尤其是含有较高剂量雌激素的避孕药，可能会增加静脉血栓的风险。有研究显示，服用复方口服避孕药的女性发生静脉血栓的风险比未服药女性高2~4倍。不过，随着避孕药配方的改进，这种风险已经有所降低。对代谢的影响：长期服用避孕药可能会对脂质代谢产生一定影响，比如可能会使低密度脂蛋白胆固醇轻度升高，高密度脂蛋白胆固醇轻度降低，但一般在正常范围内波动，不过有高血脂家族史的人需要更加密切关注血脂变化。