上厕所后肛门疼可能由多种原因引起。一般来说，肛裂是常见原因之一，肛裂导致的肛门疼，在排便时或排便后较为明显，疼痛程度轻重不一，有的可能持续数分钟到数小时。
肛裂导致的肛门疼
排便时刺激： 肛裂是肛管皮肤的破裂或撕裂，排便时干硬的粪便通过肛管，会刺激裂口，引起疼痛，同时可能伴有便血，血色鲜红，量一般不多。愈合期的影响： 如果肛裂处于愈合期，肛门局部的炎症等情况也可能导致在排便后仍有疼痛感，且肛门局部可能会有瘙痒等不适表现。
痔疮引发的肛门疼
外痔情况： 外痔如果发生炎症、血栓形成等，上厕所后可能会出现肛门疼。比如炎性外痔，肛门局部会有红肿、疼痛，走路、排便等都可能加重疼痛；血栓性外痔，肛门处可摸到暗紫色圆形硬结，疼痛较为剧烈，尤其是在排便后会明显感觉肛门疼。内痔脱出： 内痔脱出后如果不能及时回纳，也会导致肛门疼，脱出的内痔受到刺激后，会引起肛门的坠胀、疼痛等不适。
肛周脓肿造成的肛门疼
脓肿初期： 肛周脓肿早期时，肛门周围会出现小的硬块或肿块，伴有疼痛，随着病情发展，疼痛会逐渐加重。上厕所后，由于局部受到刺激，疼痛可能会更加明显，而且脓肿部位会有红肿、发热的表现。脓肿成熟阶段： 当脓肿成熟时，疼痛呈持续性跳动性疼痛，坐立不安，排便、行走、咳嗽时疼痛加剧，上厕所后这种疼痛感受会比较突出。
肛窦炎导致的肛门疼
炎症刺激： 肛窦炎是肛窦、肛门瓣发生的急慢性炎症性疾病，炎症刺激会引起肛门部的坠胀、疼痛，上厕所后这种疼痛可能会有加重的情况，同时还可能伴有排便不尽感，肛门有少量黏液分泌物流出。排便时的反应： 在排便过程中，粪便通过肛窦，会刺激发炎的肛窦，导致肛门疼加剧，并且可能会出现短暂的刺痛感等。