扁平疣的治疗方法需根据个体情况选择，一般来说，药物治疗是常见方式之一，比如维A酸类药物有一定作用，但具体效果因个人而异。
药物治疗方面
外用药物： 有维A酸软膏，它可以调节表皮细胞的分化，对扁平疣有一定的治疗作用，但可能需要连续使用数周才能见到效果。还有5%的咪喹莫特乳膏，能调节局部免疫反应来对抗病毒。免疫调节剂： 比如干扰素，可通过调节机体免疫功能来发挥作用，但使用时要注意可能出现的局部刺激等不良反应。
物理治疗手段
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般一次冷冻可能不能完全清除，有时需要多次治疗。治疗后局部会有红肿、水疱等反应，要注意保持局部清洁，避免感染，大约1 - 2周创面可愈合。激光治疗： 利用激光的能量烧灼疣体，使其去除。激光治疗相对快捷，但术后要注意创面护理，防止感染，可能会留下短暂的色素沉着，一般数月可逐渐消退。
中医治疗途径
中药内服： 中医会根据患者的体质等情况辨证论治，比如有些方剂可能具有清热解毒、化瘀散结的作用，但具体用药需由医生根据个体情况调配。中药外洗： 常用一些具有清热解毒、软坚散结功效的中药煎水外洗患处，像马齿苋、板蓝根等中药组成的方剂外洗，可能对扁平疣有一定的治疗作用，但外洗时要注意温度适宜，避免烫伤皮肤。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体自身接种，使皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。增强免疫力： 日常生活中要注意保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，均衡饮食，适度运动等，以提高身体的免疫力，有助于扁平疣的恢复。同时要注意个人卫生，不和他人共用毛巾等个人物品，防止交叉感染。