治疗灰指甲常用的药物主要有口服抗真菌药，比如伊曲康唑，一般采用冲击疗法，每个月服药一周，连续数月。不过具体用药需根据病情等因素决定。
口服抗真菌药种类及特点
伊曲康唑： 属于三唑类抗真菌药物，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。一般是冲击治疗，每次200mg，每天2次，连用1周，每月重复1次，指甲癣通常需要服用3 - 4个疗程，趾甲癣则可能需要服用4 - 6个疗程。特比萘芬： 是丙烯胺类抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的角鲨烯环氧化反应，导致真菌细胞死亡。特比萘芬一般是每天口服250mg，指甲癣疗程一般为6 - 8周，趾甲癣疗程为12 - 16周。
外用抗真菌药情况
阿莫罗芬搽剂： 外用的阿莫罗芬搽剂，它可以干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而影响真菌的生长和繁殖。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用6个月左右，不过外用药物起效相对较慢，对于比较严重的灰指甲，单独使用外用药物效果可能不如口服药。环吡酮胺乳膏： 环吡酮胺能改变真菌细胞膜的完整性，使细胞内物质外流，从而发挥抗真菌作用。外用涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次，但同样，外用药物对于深层感染的真菌杀灭效果有限，适用于症状较轻或者不能耐受口服药的患者。
用药注意事项及特殊人群
肝功能不全者慎用： 口服的伊曲康唑和特比萘芬都需要经过肝脏代谢，所以肝功能不全的患者使用时要谨慎，需要在医生评估肝功能情况后决定是否使用以及调整剂量。孕妇及哺乳期女性： 口服抗真菌药对胎儿或婴儿可能有影响，孕妇和哺乳期女性一般不建议使用口服抗真菌药，外用药物相对安全些，但也最好在医生指导下使用。治疗周期较长： 无论是口服还是外用药物，治疗灰指甲都需要较长的时间，患者要有耐心，要按照医生的要求坚持用药，不能随意中断，否则容易导致治疗失败或者病情复发。