肛窦炎可以使用抗生素类药物来缓解症状，一般经过规范用药，能在数天内改善不适。比如口服甲硝唑，它对厌氧菌有较好的抑制作用，能帮助减轻肛窦炎引发的炎症。
局部外用药物
栓剂： 可以使用痔疮栓等栓剂纳入肛门，直接作用于肛窦部位，起到消炎、消肿的作用。一般每天使用1 - 2次，能在一定程度上缓解肛窦炎带来的疼痛、坠胀等症状。膏剂： 像红霉素软膏等外用膏剂，涂抹在肛门周围，也有助于减轻局部的炎症反应。涂抹时要注意清洁肛门局部，保持干燥后再用药。
口服抗生素类药物
青霉素类： 不过要先确认患者没有青霉素过敏史。如果适用，青霉素类药物如阿莫西林等能对抗引起肛窦炎的细菌感染，帮助消除炎症。但使用前需做皮试，确保安全。头孢类： 头孢菌素类药物也是常用的，例如头孢拉定等。它们通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，对多种引起肛窦炎的病菌有效果，但同样要注意过敏问题，使用前最好告知医生自己的过敏史。
中药相关药物
中药内服： 一些清热解毒、利湿消肿的中药方剂也可用于肛窦炎的治疗。比如黄连解毒汤加减等，能从整体调理身体，减轻炎症反应。但中药的使用需要在中医师的辨证论治下进行，根据个人的体质等情况来调配药物。中药坐浴： 可以用一些具有清热燥湿、消肿止痛作用的中药进行坐浴，像黄柏、苦参等中药煎水后坐浴，每次坐浴15 - 20分钟左右，每天可进行1 - 2次，能促进局部血液循环，缓解肛窦炎的症状。不过坐浴时要注意水温适宜，避免烫伤。