早上起床脸肿眼睛肿可能由以下原因引起：
一、急性肾炎。患者若患有急性肾炎，通常会出现局部疼痛、胀热等不良症状。部分患者会有脸肿眼睛肿的表现，且在早上起床时尤其明显。这是因为急性肾炎会影响肾脏的正常功能，导致水钠潴留，从而引起身体不同部位的水肿，包括脸部和眼部。
二、结膜炎。当细菌进入患者眼部可引发结膜炎。眼睛结膜中的小血管发炎时会变粗变红，肉眼下更为显著。严重时甚至会致使患者早上起床出现脸肿眼睛肿。对此，可在医生指导下使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
三、缺铁性贫血。早上起床脸肿眼睛肿也有可能是缺铁性贫血导致的。如果患者患有缺铁性贫血，会造成局部血液循环不畅，进而出现这类不良症状。此时可及时在医生指导下使用硫酸亚铁、右旋糖酐铁等药物进行改善。
总结提示：早上起床脸肿眼睛肿可能是多种疾病引起的，若出现这种情况需及时就医，明确具体原因并进行针对性治疗。