肌肉疼痛的原因有多种。一般来说，运动相关是常见原因之一，比如突然进行大量运动，像有些人平时很少运动，突然进行1小时以上的快跑，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，引起肌肉疼痛。
运动相关因素导致肌肉疼痛
过度运动引发： 当进行高强度、长时间的运动时，肌肉会处于持续紧张收缩状态，像进行2小时以上的登山运动，肌肉不断做功，就容易出现疼痛。运动姿势不当： 如果运动时姿势不正确，例如打篮球时投篮姿势长期不对，会使某些特定肌肉长期受力不均衡，进而引发疼痛。
疾病因素导致肌肉疼痛
感染性疾病： 像流感病毒感染后，有大约20% - 40%的患者会出现全身肌肉酸痛的症状，这是因为病毒感染后引发身体的免疫反应，导致肌肉产生炎症反应。自身免疫性疾病： 比如类风湿关节炎，患者会出现对称性的肌肉疼痛，同时还伴有关节肿胀、僵硬等症状，这种疾病是自身免疫系统错误攻击关节及周围肌肉组织导致的。
药物副作用导致肌肉疼痛
他汀类药物： 部分服用他汀类降脂药的人可能会出现肌肉疼痛的副作用，大约有1% - 5%的人会发生这种情况，其机制可能与他汀类药物影响肌肉细胞的代谢有关。降血压药物： 某些钙离子拮抗剂类降压药，如硝苯地平，少数人服用后可能出现腿部肌肉疼痛的现象。
其他因素导致肌肉疼痛
环境因素： 长时间处于寒冷环境中，如在寒冷的户外待数小时，肌肉会因为寒冷刺激而收缩，容易引发疼痛。营养缺乏： 当身体缺乏维生素D时，可能会影响肌肉的正常功能，导致肌肉疼痛，一般成年人每天需要摄入400 - 800国际单位的维生素D来维持肌肉等正常功能。