肌肉疼痛的原因有多种。比如运动相关的原因，若突然进行大量运动，像连续快走超过1小时，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，从而引起肌肉疼痛，这种疼痛通常在运动后的1 - 2天内较为明显。
运动相关因素
过度运动引发： 当进行超出身体适应范围的运动时，肌肉会出现细微损伤，同时代谢产生乳酸等物质，进而导致疼痛。例如长时间不运动后突然剧烈跑步，就容易出现腿部肌肉疼痛。运动姿势不当： 不正确的运动姿势会使肌肉受力不均，比如深蹲时腰部弯曲过度，会让腰部肌肉承受异常压力，引发疼痛。
疾病导致因素
感染性疾病： 像流感病毒感染后，身体会产生炎症反应，可能伴随肌肉疼痛，一般体温恢复正常后，肌肉疼痛也会逐渐缓解，但流感引起的肌肉疼痛可能会持续1 - 3天。风湿性疾病： 类风湿关节炎会累及肌肉，导致关节周围肌肉疼痛、僵硬，尤其在早晨起床时症状较为明显，持续时间可能长达数小时。
神经系统因素
神经受压： 例如颈椎病，当颈椎间盘突出压迫神经根时，可能会引起上肢肌肉疼痛、麻木等症状，这种疼痛可能会放射到肩部、手臂等部位。神经炎： 如坐骨神经炎，会导致臀部、大腿后侧及小腿外侧等部位的肌肉出现疼痛、刺痛等感觉，疼痛可能呈放射性。