哺乳期扁平疣患者没有明确的最佳治疗方法，通常建议在医生指导下选择外用药物治疗或物理治疗，同时要暂停哺乳。
一、外用药物治疗：
1.维A酸乳膏：对扁平疣有一定疗效，但需严格遵医嘱使用，避免随意用药。
2.氟尿嘧啶软膏：可用于治疗扁平疣，不过要注意正确的使用方法和剂量。
3.咪喹莫特乳膏：是治疗扁平疣的常用药物之一，使用时务必遵循医生指导。
4.酞丁安乳膏：在扁平疣的治疗中能发挥作用，使用过程中要密切观察有无不良反应。
5.鬼臼毒素软膏：对扁平疣有治疗效果，必须按照医生的嘱咐来应用。
6.苯扎溴铵溶液：也可用于扁平疣的治疗，用药要规范。
二、物理治疗：
1.冷冻：是有效的治疗手段，对于皮损数目较多的情况，可以分批次进行治疗。
2.电灼：能起到治疗作用，要注意把握治疗的深度，达到真皮浅层即可，防止留疤。
3.刮除：是一种治疗方法，操作时要精细。
4.激光：对于扁平疣有较好的疗效，同样要注意治疗深度的控制。
另外，扁平疣主要通过直接或间接接触传播，人乳头瘤病毒可经皮肤黏膜微小破损进入上皮细胞内复制、增殖，而幼儿的免疫功能相对较弱，所以为避免影响孩子健康，建议在治疗时暂停哺乳。
总结：哺乳期扁平疣患者治疗方法主要包括外用药物和物理治疗，且治疗期间应暂停哺乳，以保护孩子免受影响。治疗时需严格遵循医生指导，选择合适的治疗方案和药物。