治疗结膜炎并没有绝对最好的眼药水，需根据不同类型的结膜炎选择合适的药物。例如细菌性结膜炎常选用抗生素类眼药水，像左氧氟沙星滴眼液，一般用药后数天内症状可改善；病毒性结膜炎常用抗病毒类眼药水，如阿昔洛韦滴眼液，通常需持续用药1-2周左右来控制病情。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，可有效治疗由敏感菌引起的细菌性结膜炎，一般用药后眼部红肿、疼痛等症状会逐渐减轻。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌和阳性菌都有较好的抗菌活性，适用于多种细菌性结膜炎，使用时要注意，对妥布霉素或其他氨基糖苷类抗生素过敏者禁用。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是嘌呤核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，主要用于治疗单纯疱疹病毒性结膜炎，用药期间可能会出现轻度疼痛、烧灼感等不适，但一般可耐受。更昔洛韦滴眼液： 同样是抗病毒药物，对单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等有抑制作用，可用于病毒性结膜炎的治疗，儿童使用时需谨慎，要在医生指导下用药。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 为相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，能缓解过敏性结膜炎的眼部症状，如眼痒等，使用后可能会有头痛、苦味等不良反应，一般不影响继续用药。色甘酸钠滴眼液： 可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯等致敏介质，从而预防过敏性结膜炎的发作，适用于预防春季过敏性结膜炎等，使用时要注意摇匀后再滴用。