结膜炎有多种类型，不同类型适用的眼药水不同，不能一概而论说哪种是最好的。一般来说，细菌性结膜炎常选用抗生素类眼药水，比如左氧氟沙星滴眼液，它对多种引起结膜炎的细菌有抑制作用；病毒性结膜炎可选用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，能对抗引起病毒性结膜炎的病毒。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 它是喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌引起的结膜炎有效。但要注意，18岁以下未成年人使用需谨慎，可能影响软骨发育。妥布霉素滴眼液： 属于氨基糖苷类抗生素，对葡萄球菌属及链球菌属等有抗菌作用，可用于治疗细菌性结膜炎。不过，长期使用可能导致耐药菌产生或真菌感染，所以不能自行长期滥用。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 它是嘌呤核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。在病毒性结膜炎发病初期使用，能缩短病程、减轻症状。不过，使用时可能会有局部刺激症状，如灼烧感、刺痛等。更昔洛韦眼用凝胶： 也是抗病毒药物，对单纯疱疹病毒和巨细胞病毒有抑制作用。对于一些严重的病毒性结膜炎，可在医生指导下使用，但同样可能引起眼部不适反应。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 是肥大细胞稳定剂兼抗组胺药，能稳定肥大细胞，阻止组胺等致敏介质释放，还能直接拮抗组胺受体，缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状。一般来说，成人和12岁以上儿童可用，使用时要注意可能出现头痛等不良反应。色甘酸钠滴眼液： 属于肥大细胞稳定剂，通过稳定肥大细胞膜，抑制肥大细胞脱颗粒，阻止过敏介质释放，从而预防过敏性结膜炎的发作。它可用于预防春季过敏性结膜炎等，但起效相对较慢，需要提前使用。
衣原体性结膜炎适用眼药水
红霉素眼膏： 属于大环内酯类抗生素，对衣原体有抑制作用。可在睡前涂抹于结膜囊内，持续发挥作用。使用时可能会有眼部刺激感，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。四环素眼膏： 同样对衣原体有抗菌活性，能用于治疗衣原体性结膜炎。使用时要注意可能引起过敏反应等，儿童使用需谨慎。