治结膜炎并没有绝对最好的眼药水，需根据不同类型选择。一般细菌性结膜炎常用左氧氟沙星滴眼液等，这类眼药水能有效抑制细菌生长，通常用药后数天内症状可改善。
细菌性结膜炎常用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。它对多种引起细菌性结膜炎的常见细菌有良好的抗菌活性。妥布霉素滴眼液： 也是常用的抗生素眼药水，对革兰阴性菌和阳性菌都有一定作用，能针对性地对抗导致结膜炎的细菌病原体。
病毒性结膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是抗病毒药物，能抑制病毒DNA多聚酶，阻止病毒DNA合成，从而抑制病毒复制，适用于病毒性结膜炎的治疗。更昔洛韦眼用凝胶： 同样针对病毒感染，可用于病毒性结膜炎，通过干扰病毒DNA合成来发挥抗病毒效应。
过敏性结膜炎常用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 属于抗组胺药物，能选择性地结合组胺H1受体，阻断组胺引起的过敏反应，缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状。色甘酸钠滴眼液： 可以稳定肥大细胞细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质的释放，减轻过敏性结膜炎的症状，在过敏季节前使用还可起到预防作用。
衣原体性结膜炎常用眼药水
红霉素眼膏： 属于大环内酯类抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，对衣原体有一定的抑制作用，可用于衣原体性结膜炎的治疗，夜间使用眼膏效果较好，能在眼内维持较长时间的药物浓度。四环素眼膏： 同样对衣原体有抑制作用，能帮助缓解衣原体性结膜炎引起的眼部不适等症状。