脚底起小水泡、瘙痒，通常是由以下原因引起的：
1.足癣：由真菌感染引起，具有传染性。除了脚底起小水泡、瘙痒，还可能出现脱皮、裂口等症状。可在医生的指导下使用酮康唑乳膏、克霉唑乳膏等药物进行治疗。
2.湿疹：与过敏、环境、感染等因素有关。除了脚底起小水泡、瘙痒，还可能出现红斑、丘疹、水疱等症状。可在医生的指导下使用糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等药物进行治疗。
3.汗疱疹：病因尚不明确，可能与精神因素、过敏、感染等有关。除了脚底起小水泡、瘙痒，还可能出现脱皮、裂口等症状。可在医生的指导下使用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物进行治疗。
如果脚底起小水泡、瘙痒的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。同时，要注意保持脚部清洁干燥，避免搔抓，避免穿不透气的鞋子。