新生儿血管瘤形成的原因目前还不完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，新生儿血管瘤的发生可能与血管生成因子水平异常有关，有研究显示约10%的新生儿可能会出现血管瘤相关表现。
胚胎发育因素
血管形成期异常： 在胚胎发育的早期，血管形成过程中出现异常可能导致血管瘤的发生。在胚胎发育的第3周左右开始形成原始血管网，若在这个阶段某些调控血管形成的基因出现突变或表达异常，就可能影响血管的正常发育，从而为血管瘤的形成埋下隐患。例如，一些生长因子相关基因的异常表达，会促使血管内皮细胞过度增殖，进而形成血管瘤样的结构。遗传因素影响： 有一定的遗传倾向。研究发现，部分血管瘤患儿存在家族遗传背景，若家族中有亲属曾患有血管瘤，那么新生儿患血管瘤的风险可能会相对增高。但具体的遗传方式还不是完全清晰，可能涉及多个基因的复杂相互作用。
激素水平因素
雌激素相关影响： 雌激素可能在新生儿血管瘤的形成中起到一定作用。在新生儿体内，雌激素水平的变化可能会影响血管的生长和发育。有研究表明，血管瘤组织中雌激素受体的表达量可能高于周围正常组织，雌激素可以刺激血管内皮细胞的增殖和迁移，从而促进血管瘤的形成和发展。尤其是女婴相对男婴可能更易受到雌激素水平波动的影响，不过这也不是绝对的，只是有相关的研究趋势显示存在这样的关联。孕激素的作用： 孕激素也可能参与其中。孕激素水平的异常变化可能会影响血管的稳定性和生长调节。在血管瘤患儿体内，孕激素相关的调节机制可能出现紊乱，导致血管内皮细胞异常增殖，进而形成血管瘤。
血管新生相关因素
血管内皮生长因子作用： 血管内皮生长因子（VEGF）在血管瘤的形成中起着关键作用。VEGF能够促进血管内皮细胞的增殖、迁移和血管的形成。在血管瘤发生发展的过程中，病变部位的VEGF表达水平明显升高，它可以刺激血管内皮细胞大量增殖，使得局部血管异常扩张和增生，最终形成血管瘤。例如，在血管瘤的增生期，VEGF的表达会显著增加，推动血管瘤快速生长。基质金属蛋白酶影响： 基质金属蛋白酶（MMPs）也参与了新生儿血管瘤的形成。MMPs能够降解细胞外基质，为血管内皮细胞的迁移和增殖创造条件。在血管瘤组织中，MMPs的表达和活性发生改变，会破坏正常的组织架构，有利于血管内皮细胞的异常增殖和血管的新生，从而促进血管瘤的形成。比如MMP - 9等成员的异常表达，会影响血管周围基质的平衡，促使血管瘤不断发展。