甲状腺恶性肿瘤的治疗方式需根据病情等因素确定，一般来说，手术是主要的治疗手段，约90%以上的甲状腺恶性肿瘤患者可通过手术切除肿瘤。
手术治疗方式
甲状腺全切术：适用于病情较严重、多发甲状腺恶性肿瘤等情况。比如一些甲状腺癌晚期，肿瘤广泛侵犯甲状腺组织时，可能需要全切。甲状腺近全切术：保留部分甲状腺组织，相对全切对甲状腺功能影响小一些，但也能较大程度切除肿瘤。
放射性核素治疗
适用于情况： 对于一些分化型甲状腺癌，在手术切除后，如果有残留的甲状腺组织或转移病灶，可采用放射性碘 - 131治疗。一般术后需要等待4 - 6周，让甲状腺球蛋白水平升高后再进行放射性核素治疗，利用放射性碘被甲状腺组织摄取，破坏残留的甲状腺组织和癌细胞。
内分泌治疗
左甲状腺素钠片：甲状腺恶性肿瘤患者术后常需服用左甲状腺素钠片来抑制促甲状腺激素（TSH）水平。通常需要将TSH控制在较低水平，比如分化型甲状腺癌患者，TSH一般要控制在0.1 - 0.5mIU/L以下，以降低肿瘤复发风险。对于一些患者，可能需要终身服用左甲状腺素钠片来维持甲状腺功能正常和抑制肿瘤。
靶向治疗
适用药物及情况： 对于一些晚期的甲状腺恶性肿瘤，尤其是一些特定基因突变的患者，可能会用到靶向治疗药物。例如，对于伴有RET基因融合的甲状腺癌患者，可能会使用RET抑制剂等靶向药物，这类药物能针对肿瘤细胞的特定靶点发挥作用，抑制肿瘤生长和转移，但这类药物相对费用较高，且有一定的副作用需要密切监测。