强直性脊柱炎可能会引发多种并发症。约有1/4的强直性脊柱炎患者会出现眼部并发症，比如急性葡萄膜炎或虹膜炎，通常是单侧发病，且反复发作。
骨骼肌肉方面的并发症
脊柱畸形：随着病情进展，患者的脊柱可能会逐渐出现畸形，严重时会影响身体的正常活动。比如胸椎受累后，可能导致胸廓活动受限，患者吸气、呼气的幅度都会减小。髋关节病变：约1/4的患者会发生髋关节受累，出现髋关节疼痛、活动受限等症状，这会严重影响患者的行走、上下楼梯等日常活动能力。
肺部并发症
长期患病且病情控制不佳的强直性脊柱炎患者，容易出现肺部并发症。比如肺上叶纤维化，患者可能会有咳嗽、气短等表现，严重时会影响肺部的正常功能，降低肺的通气和换气能力。
心脏并发症
部分强直性脊柱炎患者会出现心脏相关并发症，像主动脉瓣关闭不全。患者可能早期没有明显症状，随着病情发展，可能会出现心悸、呼吸困难等症状，影响心脏的正常泵血功能。
神经系统并发症
少数患者可能会出现神经系统并发症，比如马尾综合征。主要表现为下肢麻木、无力，大小便失禁等，这是因为病变累及脊柱周围组织，压迫马尾神经所致。