经常口腔溃疡可能由多种原因引起，比如约20%的人群有复发性阿弗他溃疡，其病因与遗传、免疫、环境等因素有关。
一、局部创伤因素
口腔内异物刺激： 如果口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如残根边缘比较尖锐，持续刺激颊黏膜等部位，就可能导致局部出现溃疡，这种情况在有口腔修复问题的人群中较为常见。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，也会形成口腔溃疡。比如快速咀嚼食物时，牙齿意外咬到了嘴唇内侧或颊部黏膜，伤口如果没有及时愈合，就可能发展成口腔溃疡，这种情况在进食速度快的人群中时有发生。
二、免疫系统问题
免疫功能紊乱： 当人体免疫系统出现紊乱时，就容易反复发生口腔溃疡。例如自身免疫性疾病患者，像白塞病患者，往往会反复出现口腔溃疡，同时还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。一般这类患者体内的免疫调节机制出现异常，导致免疫系统错误地攻击自身组织，从而引发口腔溃疡等一系列症状。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况下，身体抵御病原体的能力下降，就容易受到病原体的侵袭，进而引发口腔溃疡。比如长期熬夜的人，身体处于疲劳状态，免疫力降低，就比较容易出现口腔溃疡，这类人群在学生备考或者工作压力大经常熬夜的群体中较为多见。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B族，尤其是维生素B2、B6等，会影响口腔黏膜的正常代谢，容易引发口腔溃疡。比如长期吃素、饮食不均衡的人，很可能会缺乏维生素B族，从而增加口腔溃疡的发生几率。有研究表明，维生素B族参与了口腔黏膜细胞的生长和修复过程，缺乏时会导致黏膜修复能力下降，容易出现溃疡。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素也与口腔溃疡的发生有关。例如缺铁会影响血红蛋白的合成，导致机体运输氧气的能力下降，口腔黏膜得不到充足的氧气供应，就容易出现溃疡；缺锌会影响细胞的分裂和再生，也会使口腔黏膜的修复受到影响，增加口腔溃疡的发病风险。在饮食中偏食、挑食的人群，就比较容易出现微量元素缺乏的情况，进而引发口腔溃疡。