舌根溃疡的原因有多种。一般来说，局部创伤是常见原因之一，比如吃饭时不小心咬伤舌根，就可能形成溃疡，这种情况较为常见。另外，缺乏维生素也可能导致舌根溃疡，像缺乏维生素B族，尤其是维生素B2时，就容易引发口腔黏膜的溃疡问题，有研究显示约20% - 30%的口腔溃疡与维生素B族缺乏有关。
局部创伤因素
牙齿咬伤： 在进食过程中，如果咀嚼过快或者食物块较大，就有可能咬伤舌根，从而形成溃疡。比如吃比较硬的食物或者进食速度过快时，就容易出现这种情况。假牙刺激： 如果佩戴不合适的假牙，假牙的边缘可能会反复摩擦舌根部位，长期刺激就会导致溃疡产生。例如假牙制作不合适，边缘过于尖锐或者不贴合口腔情况时。
维生素缺乏因素
维生素B族缺乏： 维生素B族中的多种成员对维持口腔黏膜的健康很重要。当人体缺乏维生素B2时，会影响口腔黏膜的代谢，导致黏膜抵抗力下降，容易发生溃疡。日常饮食中如果长期摄入富含维生素B族的食物过少，像蔬菜、粗粮等摄入不足，就容易出现这种情况。其他维生素缺乏： 维生素C缺乏也可能与舌根溃疡有关，维生素C参与人体的多种生理过程，缺乏时会影响组织的修复等，进而可能导致溃疡形成。但相对来说，维生素B族缺乏导致舌根溃疡更为常见。
全身性疾病因素
免疫系统疾病： 像白塞病，这是一种全身性免疫系统疾病，会累及口腔黏膜，导致舌根等部位出现溃疡。患者除了舌根溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后，由于体内内分泌的变化，可能会出现舌根溃疡的情况。比如雌激素水平的波动可能会影响口腔黏膜的状态，导致溃疡发生。