卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿性质、大小等因素决定。一般来说，直径小于5厘米且无明显症状的生理性囊肿，有自行消失的可能，可定期（通常3~6个月）复查B超观察变化。
生理性囊肿如何处理
滤泡囊肿： 多是卵巢排卵后形成的暂时性囊肿，一般直径在2~5厘米左右，通常无需特殊治疗，多数在2~3个月经周期后可自行消退，定期复查B超监测大小变化即可。黄体囊肿： 与黄体形成有关，一般也可在1~2个月内自行消失，同样需要定期复查B超，观察囊肿是否缩小或消失。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗： 如果囊肿直径大于5厘米，或持续存在超过3个月，或怀疑为恶性囊肿时，多需手术治疗。手术方式有卵巢囊肿剥除术和患侧卵巢切除术等。对于年轻有生育需求的患者，多尽量保留卵巢功能行囊肿剥除术；对于年龄较大、无生育需求或双侧卵巢囊肿且怀疑恶变的患者，可能会考虑患侧卵巢切除术。药物治疗： 某些情况可能会辅助药物治疗，比如巧克力囊肿（子宫内膜异位囊肿），可使用短效避孕药等药物来抑制子宫内膜异位症的发展，减少囊肿的复发，但药物治疗一般不能完全消除囊肿，多作为手术前后的辅助治疗。
特殊情况的处理
绝经后女性囊肿： 绝经后女性发现卵巢囊肿，由于此时发生恶性肿瘤的风险相对较高，所以一旦发现，多建议积极手术治疗，明确囊肿性质。合并急腹症的囊肿： 如果卵巢囊肿发生扭转、破裂等情况，导致突然的剧烈腹痛等急腹症表现，需急诊手术治疗，以挽救卵巢功能或避免更严重的并发症发生。