有卵巢囊肿的治疗方案需根据囊肿性质、大小等因素来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性囊肿，有可能会自行消失，可定期（通常3~6个月）复查超声观察变化。
生理性囊肿的处理
观察随访： 对于直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿和黄体囊肿，很多情况下会在月经周期变化中自然消退。女性每3~6个月做一次超声检查就行，通过观察囊肿大小、形态等变化来决定后续处理。注意生活方式： 保持规律作息，每天保证7~8小时睡眠，同时适度运动，像散步、瑜伽等，每周坚持3~5次，每次30分钟左右，有助于身体内分泌调节，可能对生理性囊肿的消退有帮助。
病理性囊肿的治疗
手术治疗情况： 当囊肿直径大于5厘米，或者怀疑是病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等）时，通常需要手术。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术创伤小，恢复快，一般术后1周左右就能基本恢复日常活动。手术相关注意： 手术前要完善各项检查，如血常规、凝血功能、肝肾功能等。术后要注意伤口护理，保持伤口清洁干燥，避免感染，一般术后1个月内要避免剧烈运动。
药物辅助治疗
针对子宫内膜异位症相关囊肿： 如果是子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，可使用GnRH-a类药物，这类药物能抑制卵巢功能，使异位的子宫内膜萎缩。不过使用这类药物可能会出现潮热、骨质疏松等副作用，一般用药时间不超过6个月。抗炎药物辅助： 若囊肿伴有炎症，可能会辅助使用抗生素，不过抗生素的使用必须在医生指导下根据具体的病原体等情况来选择，不能自行随意使用。