乳头凹陷主要是由多种原因引起的，其中先天性因素较为常见，约占80%左右。比如胚胎发育时期，乳腺导管短缩，周围的纤维组织发育异常等，就可能导致乳头凹陷。
先天性因素导致
乳腺导管发育异常： 在胚胎发育过程中，如果乳腺导管发育出现问题，就会影响乳头的正常突出。一般从青春期开始，乳腺逐渐发育，若导管发育异常，就可能引发乳头凹陷。纤维组织牵拉： 乳房内的纤维组织如果出现挛缩等情况，也会牵拉乳头，使其凹陷。这种先天性的纤维组织异常，会限制乳头正常向外突出。
后天性因素导致
乳腺疾病影响： 某些乳腺疾病也可能导致乳头凹陷，比如乳腺肿瘤。当乳腺内的肿瘤生长到一定程度，侵犯周围组织，包括乳头周围的组织时，就可能牵拉乳头造成凹陷。一般在乳腺肿瘤发展到中晚期时，这种情况相对较多见。外伤或手术损伤： 乳房部位受到外伤，或者因治疗其他乳房疾病进行手术时，若损伤到乳头周围的组织，也可能引起乳头凹陷。例如乳房部位遭受撞击等外伤后，局部组织受损，可能影响乳头的正常形态。
穿着不合适内衣引起
内衣过紧： 长期穿着过紧的内衣，尤其是青春期发育阶段穿着过紧的胸罩，会压迫乳头，影响其正常发育，导致乳头凹陷。比如每天穿着过紧的胸罩超过12小时，就可能增加乳头凹陷的风险。内衣材质不适： 一些材质过硬的内衣，对乳头及周围组织产生持续的摩擦和压迫，也不利于乳头正常突出。长时间穿着材质不适的内衣，会干扰乳头的正常生长状态。